แม้ว่าสภาต่าง ๆ ที่มีส่วนในการผลักดันฝรั่งเศสออกไปจากสเปนจะให้สัตยาบันรับรองรัฐธรรมนูญ ค.ศ. 1812 แล้วก็ตาม แต่พระเจ้าเฟอร์ดินานด์ที่ 7 กลับทรงเห็นว่ารัฐธรรมนูญฉบับนี้มีความเป็นเสรีมากเกินไปสำหรับประเทศ (ระบุให้กษัตริย์ทรงอยู่ภายใต้รัฐธรรมนูญ) พระองค์จึงทรงปฏิเสธที่จะให้การรับรองและดำเนินการปกครองประเทศในรูปแบบสมบูรณาญาสิทธิราชย์ตามอย่างกษัตริย์พระองค์ก่อน ๆ พวกเสรีนิยมในสเปนจึงรู้สึกเหมือนถูกหักหลังจากกษัตริย์ที่ตนเองเคยสนับสนุน ส่วนสภาตามท้องถิ่นที่เคยต่อต้านโจเซฟ โบนาปาร์ตต่างก็สูญเสียความเชื่อมั่นในการปกครองของกษัตริย์ของตน

แม้ว่าในสเปนยังพอจะยอมรับการปฏิเสธรัฐธรรมนูญดังกล่าวได้ แต่นโยบายนี้ก็ได้รับเสียงต่อต้านจากอาณานิคมของสเปนในโลกใหม่ การปฏิวัติเพื่อเรียกร้องเอกราชยังคงดำเนินต่อไป กองทัพสเปนไปถึงอเมริกาตั้งแต่ปี ค.ศ. 1814 และมีชัยชนะในการรบในดินแดนต่าง ๆ ในช่วงแรก แต่อาร์เจนตินาก็ประกาศเอกราชในปี ค.ศ. 1816[65] (เป็นอิสระโดยปริยายตั้งแต่ปี ค.ศ. 1807 ที่สามารถต่อต้านการรุกรานของอังกฤษได้สำเร็จ) ส่วนชิลีนั้นสเปนยึดกลับมาได้ในปี ค.ศ. 1814 แต่ก็เสียไปอย่างถาวรในปี ค.ศ. 1818[65] เมื่อกองทหารของโฮเซ เด ซาน มาร์ติน (หนึ่งในนักปฏิวัติเพื่อเอกราชของอเมริกาใต้) เดินทางจากอาร์เจนตินาข้ามเทือกเขาแอนดีสเข้ามาสมทบและเอาชนะทหารสเปนได้ และต่อมาสเปนก็เสียโคลอมเบียไปอีกในปี ค.ศ. 1819[65]

เมื่อถึงปี ค.ศ. 1820 เม็กซิโก เปรู เอกวาดอร์ และอเมริกากลางยังคงอยู่ภายใต้การควบคุมจากสเปน และพระเจ้าเฟอร์ดินานด์ที่ 7 ก็ทรงตัดสินพระทัยจะยึดอาณานิคมที่เสียไปกลับคืนมา แต่สเปนก็ไม่สามารถจ่ายเงินเดือนรวมทั้งแบ่งสรรอาหารและจัดหาที่พักสภาพดีให้กับทหารได้ เพราะแทบจะล้มละลายหลังจากการทำสงครามกับฝรั่งเศสและการฟื้นฟูประเทศขึ้นใหม่ ในปีเดียวกัน กองทหารที่กำลังจะถูกส่งไปปฏิบัติการในอเมริกาได้ก่อกบฏขึ้นที่เมืองกาดิซ (มีราฟาเอล เดล เรียโกเป็นผู้นำ) และเรียกร้องให้นำรัฐธรรมนูญฉบับ ค.ศ. 1812 กลับมาใช้อีกครั้ง ซึ่งกองทัพทั่วประเทศก็ประกาศเข้าข้างผู้ก่อการครั้งนี้ พระเจ้าเฟอร์ดินานด์ที่ 7 จึงทรงยินยอมและยอมรับรัฐธรรมนูญฉบับดังกล่าว ต่อมาพวกปฏิวัติได้ล้อมพระราชวังไว้และกักบริเวณพระองค์ไว้ การลุกฮือเกิดขึ้นอีกในกองทหารที่กรุงมาดริดและสงครามกลางเมืองก็ปะทุขึ้นในเมืองโตเลโด แคว้นกัสติยา และแคว้นอันดาลูซิอา

การปกครองของรัฐบาลเสรีนิยม "หัวก้าวหน้า" และสงครามกลางเมืองที่เกิดขึ้นร่วมกันนั้นจะเป็นตัวอย่างของการเมืองสเปนในศตวรรษถัดมา รัฐบุรุษชาติอื่น ๆ ของยุโรปต่างเห็นว่า รัฐบาลเสรีนิยมชุดนี้มีความคล้ายคลึงกับรัฐบาลฝรั่งเศสสมัยการปฏิวัติเป็นอย่างมาก ในการประชุมใหญ่แห่งเวโรนา (ค.ศ. 1822) ฝรั่งเศสก็ได้รับการอนุมัติให้ใช้กำลังเข้าแทรกแซงสเปนและสามารถยึดกรุงมาดริดไว้ได้ กองกำลังปฏิวัติจนมุมและพ่ายแพ้ในปี ค.ศ. 1823 เรียโกถูกตัดสินประหารชีวิต พระเจ้าเฟอร์ดินานด์ที่ 7 ก็ทรงกลับมาปกครองประเทศในระบอบสมบูรณาญาสิทธิราชย์ต่อไป อย่างไรก็ตาม สเปนก็เสียอาณานิคมเกือบทั้งหมดไปอย่างสมบูรณ์เมื่อปี ค.ศ. 1824 กองทัพสเปนกองทัพสุดท้ายบนแผ่นดินใหญ่ของทวีปอเมริกาได้ปราชัยต่อกองกำลังของนักปฏิวัติอันโตนิโอ โฮเซ เด ซูเกรในยุทธการที่แคว้นไออากูโช ทางภาคใต้ของเปรู

สมัยแห่งความวุ่นวายยังคงดำเนินต่อมาอีกทศวรรษ เนื่องจากพระเจ้าเฟอร์ดินานด์ที่ 7 ไม่มีพระราชโอรสที่จะสืบทอดราชสมบัติ (แต่มีพระราชธิดาเพียงพระองค์เดียวคือเจ้าหญิงอิซาเบล) ดังนั้นกษัตริย์พระองค์ต่อมาตามกฎซาลิก (ซึ่งเป็นธรรมเนียมปฏิบัติเดิม) จึงควรเป็นพระอนุชาในพระองค์ คือ เจ้าชายการ์โลส ในขณะที่พระเจ้าเฟอร์ดินานด์ที่ 7 ซึ่งทรงอยู่ฝ่ายอนุรักษนิยมและเกรงว่าจะเกิดการก่อการกบฏขึ้นในชาติอีกนั้น ไม่ทรงเห็นว่านโยบายแนวปฏิกิริยาของพระอนุชาเป็นทางเลือกที่จะอยู่รอด พระเจ้าเฟอร์ดินานด์ที่ 7 จึงทรงขัดขวางความต้องการของพระอนุชาโดยทรงยกเลิกการใช้กฎซาลิก[69] และพระราชทานสิทธิ์แห่งการสืบราชสมบัติให้แก่พระราชธิดาในพระองค์แทน เจ้าชายการ์โลสไม่ทรงยอมรับรองสิทธิดังกล่าวและเสด็จหนีไปยังโปรตุเกส

การเสด็จสวรรคตของพระเจ้าเฟอร์ดินานด์ที่ 7 ในปี ค.ศ. 1833 และการขึ้นครองราชย์ของเจ้าหญิงอิซาเบลลา (ซึ่งมีพระชนมายุเพียง 3 ชันษาในขณะนั้น) ในฐานะสมเด็จพระราชินีนาถอิซาเบลที่ 2 แห่งสเปน เป็นตัวจุดชนวนให้เกิดสงครามการ์ลิสต์ครั้งที่ 1 (First Carlist War; Primera Guerra Carlista ค.ศ. 1833-1839) เจ้าชายการ์โลสทรงบุกสเปนและได้รับการสนับสนุนจากทั้งพวกปฏิกิริยาและพวกอนุรักษนิยมในประเทศ (ที่พวกอนุรักษนิยมหรือพวกนิยมสมบูรณาญาสิทธิราชย์อยู่ฝ่ายเจ้าชายการ์โลสนั้น เป็นเพราะทราบว่าต่อไปสมเด็จพระราชินีนาถจะทรงปฏิรูปบ้านเมืองให้เป็นไปในทางเสรีนิยม กลุ่มผู้สนับสนุนเจ้าชายเรียกว่า "พวก
การ์ลิสต์") ส่วนพระราชชนนีของสมเด็จพระราชินีนาถอิซาเบล คือ สมเด็จพระราชินีนาถมาเรีย-คริสตินาแห่ง
บูร์บง-ซิซิลีทั้งสอง ทรงได้รับการแต่งตั้งให้เป็นผู้สำเร็จราชการแผ่นดินจนกว่าพระราชธิดาจะทรงบรรลุนิติภาวะ

การก่อการกบฏดูเหมือนจะถูกกำราบในปลายปีเดียวกันนั้นเอง โดยกองทัพ (พวกเสรีนิยม) ของสมเด็จพระราชินีนาถมาเรีย-คริสตินาซึ่งเรียกว่า "กองกำลังกริสตีโนส" หรือ "กองกำลังอีซาเบลีโนส" สามารถขับไล่กองทัพการ์ลิสต์จากพื้นที่ส่วนใหญ่ของแคว้นประเทศบาสก์ได้ เจ้าชายการ์โลสจึงทรงแต่งตั้งพลเอกโตมัส เด ซูมาลาการ์เรกี นายทหารชาวบาสก์เป็นผู้บัญชาการทหารในพระองค์ ซูมาลาการ์เรกีรวบรวมและฟื้นฟูพวกการ์ลิสต์ขึ้นมาใหม่ และเมื่อถึงปี ค.ศ. 1835 ได้ผลักดันให้กองกำลังกริสตีโนถอยร่นกลับไปยังแม่น้ำเอโบร และเปลี่ยนแปลงกองทัพที่กำลังเสียขวัญของพวกการ์ลิสต์ให้เป็นกองทัพที่แข็งแกร่งเหนือกว่ากองกำลังของรัฐบาลแม้มีกำลังทหารเพียง 3 หมื่นคน แต่การเสียชีวิตของซูมาลาการ์เรกีจากการรบในปี ค.ศ. 1835 ก็เปลี่ยนแปลงอนาคตของพวกการ์ลิสต์อีกครั้ง นอกจากนี้พวกกริสตีโนสยังได้นายพลผู้มีความสามารถ คือ บัลโดเมโร เอสปาร์เตโร เข้ามาบัญชาการ ชัยชนะของเขาในยุทธการที่เขตลูชานา (ค.ศ. 1836) เป็นจุดเปลี่ยนของสงคราม และในปี ค.ศ. 1839 การประชุมใหญ่แห่งเบร์การาก็ได้ประกาศยุติการก่อกบฏของพวกการ์ลิสต์ลง

เอสปาร์เตโรเริ่มได้รับความนิยมในฐานะวีรบุรุษจากสงครามด้วยสมญานาม "ผู้สร้างสันติของสเปน" เขาร้องขอให้มีการปฏิรูปแบบเสรีนิยมจากสมเด็จพระราชินีนาถมาเรีย-คริสตินา แต่พระองค์ซึ่งไม่ทรงสนับสนุนแนวคิดใด ๆ ก็ทรงลาออกและให้เอสปาร์เตโรขึ้นมาเป็นผู้สำเร็จราชการแทนพระองค์ ต่อมาการปฏิรูปแบบเสรีนิยมของเอสปาร์เตโรถูกต่อต้านโดยพวกสายกลาง นอกจากนี้ ความไร้ประสบการณ์ทางการเมืองและความแข็งกระด้างของเขายังได้ก่อให้เกิดการลุกฮือขึ้นเป็นระยะ ๆ ในพื้นที่ส่วนต่าง ๆ ทั่วประเทศซึ่งทั้งหมดถูกปราบปราบลงอย่างรุนแรง เขาถูกขับไล่ออกจากตำแหน่งผู้สำเร็จราชการในปี ค.ศ. 1843 โดยรามอน มารีอา นาร์บาเอซ ซึ่งเป็นนายพลสายกลาง เมื่อปี ค.ศ. 1846 พวกการ์ลิสต์ก่อการจลาจลขึ้นอีกและเกิดสงครามของผู้ตื่นเช้า (War of the Matiners; Guerra de los Matiners) ในแคว้นกาตาลุญญา แต่คราวนี้พวกการ์ลิสต์จัดการกองทัพได้ไม่ดี จึงเป็นสาเหตุให้ถูกปราบลงได้เมื่อปี ค.ศ. 1849

รัฐสภาสเปนไม่พอใจกับการปฏิวัติรัฐประหารที่เกิดขึ้นบ่อยครั้งในประเทศ จึงตัดสินใจที่จะไม่แต่งตั้งผู้สำเร็จราชการแทนพระองค์อีก และประกาศให้เจ้าหญิงอิซาเบลลาซึ่งขณะนั้นมีพระชนมายุ 13 พรรษาขึ้นครองราชย์และเฉลิมพระนามสมเด็จพระราชินีนาถอิซาเบลที่ 2 จากนั้นพระองค์ก็ทรงเข้าไปมีบทบาทมากขึ้นในรัฐบาลหลังจากทรงบรรลุนิติภาวะ แต่ตลอดรัชสมัยของพระองค์ก็ทรงไม่ได้รับความนิยมเท่าใดนัก พระองค์ทรงถูกมองว่าไม่ทรงเอาพระทัยใส่ประชาชนชาวสเปน ปี ค.ศ. 1856 พระองค์ทรงจัดตั้งรัฐบาลผสมระหว่างพวกสายกลางกับพวกหัวก้าวหน้า คือ สหภาพเสรีนิยม (Unión Liberal) ภายใต้การนำของนายพลเลโอโปลโด โอดอนเนลล์ แต่แผนการของสมเด็จพระราชินีนาถอิซาเบลลาที่ 2 ล้มเหลวและทำให้พระองค์ทรงสูญเสียเกียรติภูมิและความนิยมจากประชาชนยิ่งขึ้นไปอีก

ปี ค.ศ. 1860 สมเด็จพระราชินีนาถอิซาเบลที่ 2 ทรงประกาศทำสงครามกับโมร็อกโก โดยมีนายพลโอดอนเนลล์และควน ปริมเป็นผู้บัญชาการ การได้รับชัยชนะในสงครามครั้งนี้ทำให้พระองค์ทรงสามารถรักษาความนิยมในสเปนไว้ได้ อย่างไรก็ตาม ในการรบเพื่อยึดเปรูและชิลีกลับคืนมาในช่วงสงครามหมู่เกาะชินชาในมหาสมุทรแปซิฟิกนั้นก็สร้างความเสียหายอย่างหนักและสเปนต้องปราชัยให้กับทหารอเมริกาใต้ และในปี ค.ศ. 1866 การก่อการกำเริบที่นำโดยควน ปริม ถูกปราบปรามลงได้ แต่ก็เป็นที่ชัดเจนขึ้นเรื่อย ๆ ว่าประชาชนสเปนก็ไม่พอใจกับความพยายามเข้ามายุ่งเกี่ยวด้านการปกครองของสมเด็จพระราชินีนาถอิซาเบลลาที่ 2